DRYな備忘録

Don't Repeat Yourself.

Macにsamtoolsをインストール

bioinformatics

ゴール

  • macOS Sierra上でsamtoolsコマンドが使える

参考

ログ

% cd
% mkdir opt
% mkdir opt/src
% cd opt/src
% wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.4/htslib-1.4.tar.bz2
% tar jxvf htslib-1.4.tar.bz2
% cd htslib-1.4
% ./configure --prefix=$HOME/opt
# 中略
configure: error: liblzma development files not found
# 後略

ふむ

% brew search liblzma
lzma is now part of the xz formula.
% brew search lzma-devel
lzma is now part of the xz formula.
% brew search xz-devel
No formula found for "xz-devel".

lzmaはxzになったけど、liblzmaの名前で探しにこられててnot foundとなっているような気がする。xzを入れればいいのかな。

% brew install xz
% ./configure --prefix=$HOME/opt
# いけたっぽい
% make
# warningは多数出てるけどとりあえず最後まで行ったっぽい
% make install
% ll ~/opt
total 0
drwxr-xr-x   7 otiai10  staff   238  4 13 10:24 .
drwxr-xr-x+ 39 otiai10  staff  1326  4 13 10:06 ..
drwxr-xr-x   5 otiai10  staff   170  4 13 10:24 bin
drwxr-xr-x   3 otiai10  staff   102  4 13 10:24 include
drwxr-xr-x   7 otiai10  staff   238  4 13 10:24 lib
drwxr-xr-x   3 otiai10  staff   102  4 13 10:24 share
drwxr-xr-x   4 otiai10  staff   136  4 13 10:06 src

コマンドPATHを通す

% which htsfile
htsfile not found
% export PATH=$HOME/opt/bin:$PATH
% which htsfile
/Users/otiai10/opt/bin/htsfile
% man htsfile
# いい感じ

LIBRARY PATHを通す

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/opt/lib:$LD_LIBRARY_PATH

samtoolsのインストール

% cd $HOME/opt/src
% wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.4/samtools-1.4.tar.bz2
% tar jxvf samtools-1.4.tar.bz2
% cd samtools-1.4
% ./configure --prefix=$HOME/opt
% make
% make install

確認

% which samtools
/Users/otiai10/opt/bin/samtools
% man samtools

イケてる。

はじめてのバイオインフォマティクス (KS生命科学専門書)

はじめてのバイオインフォマティクス (KS生命科学専門書)

DRYな備忘録