CWLって何

的なものについては、このあたりをご参考ください。Web系プログラマ諸兄の99%は縁が無いかと思います。

参考

Common Workflow Language
- Common Workflow Language User Guide: First Example

ログ

% mkdir -p ~/tmp/cwl-playground/hello-world
% cd ~/tmp/cwl-playground/hello-world
% vi hello.cwl
% vi job.yml

hello.cwl の中身

#!/usr/bin/env cwl-runner

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: echo
inputs:
    message:
        type: string
        inputBinding:
            position: 1
outputs: []

job.yml の中身

message: Hello World!!

ほんで、

% cwltool ./hello.cwl ./job.yml

とすると

/usr/local/bin/cwltool 1.0.20180622214234
Resolved './hello.cwl' to 'file:///root/hello-world/hello.cwl'
[job hello.cwl] /tmp/tmpGt_fgK$ echo \
    'Hello, World!!'
Hello, World!!
[job hello.cwl] completed success
{}
Final process status is success

となる。